通缉令一经公布，举国皆知，嫪毐得悉赵竭被抓，思及孩子尚在咸阳，遂要回去营救。董奇劝解不成反对其讥讽，正当二人内杠之际，嬴傒突然带兵出现。嫪毐抵死不降，眼见其他亲信纷纷弃戈，于是恼羞成怒，一剑杀死董奇，以此证明他的满腔不甘。
秦地军民同仇敌忾，共赴国难，终是成功擒杀叛军外贼，嫪毐及其残存党羽全被重枷关押，曾受战乱摧残的咸阳城重经一番修缮，再度等来秦王嬴政的回归。面对夹道欢迎的大秦子民，嬴政深受触动，由衷表达感激之情，承诺会让天下太平，还以安宁生活回报。
随着大家齐唱《无衣》，歌声悠扬，秦廷的权政终于交还嬴政手里。众人默默落泪，既是伤怀今日的来之不易，又在期盼着秦国的未来。
嬴政回到王宫发现冬儿已死，回溯昔日种种，内心悲痛万分，于是立即吩咐蒙恬掘地三尺也要捉拿樊於期。
与此同时，李斯亲自审讯嫪毐，因见他顽抗不招，索性以两个幼子性命作要挟。最终嫪毐主动交代关于吕不韦送他入宫的前因后果，甚至越说越激动，其中不乏添油加醋的恶意栽赃。
李斯将所有牵连人员名单拟好，随即呈送嬴政定夺。行法六署奉命下达决刑书，凡涉案者分为轻重，判处三年服役或者流放蜀地，至于为首几名附逆作乱之人，皆以枭首处死；而赵姬则迁都外冷宫，绝闻政事。
眼下芒种时节临近，决刑如期而至，渭水草滩聚集诸多围观者，其中包括公子魏宏以及赵臣郭旦。一部分人是想要目睹乱臣贼子如何伏诛，大快人心，另一部分人则是暗中筹划，如何弥补失利局面。
赢虞将被腰斩，临终前诅咒李斯不得善终，同沦此下场。嬴傒坐在监斩台上，见此情形极为不忍，唯独隗状沉浸在新仇旧恨的报复之中，一声令下，眼见两条性命桑于刀下。待赢虞和赵竭行刑过后，五名壮汉抬着精神恍惚的嫪毐走进刑场，继而套上绳结，终让五头斑斓水牛结束他罪恶的人生。
原本李斯想提议嬴政趁机问罪吕不韦，奈何嬴政仅是处罚嫪毐一党，车裂嫪毐，并未对他有所追究。其子吕辉担心吕氏一门会被处罚，但是吕不韦倒显得尤为平静，甚至坦言当初决定入朝为官，沾染是非，无论结果如何，功过与否皆让千秋后代人评定。
当天夜里，嬴政传召吕不韦于东门城墙上一聚。滂沱大雨在前，这对不是父子胜似父子的君臣，却在喧嚣雨声寻到片刻藉慰，共同回忆往事。为免嬴政陷入两难，吕不韦主动承认罪责，引咎请辞离开咸阳。
章台宫朝会上，嬴政表明横扫六国的决心，并且封赏众臣，立隗状、芈启拜为左右丞相，王翦进右更爵等，唯有赢姓宗室未得实权要职，就连嬴傒也仅被封为太傅之职，明眼人大概都能看出嬴政有意重用楚系，压制宗室。
平乱之事尘埃落定，蒙武自觉有负嬴政重头，始终关在府中待罪。嬴政不想他就此萎靡不振，于是吩咐蒙恬诏命蒙武返回骊山大营，整军操练。恰巧此时赵高正在大殿前清洗血渍，嬴政对他颇感兴趣，想到自己身边缺一名近侍，便让蒙恬查他底细。
作战密室内，嬴政与心腹大臣们商议灭六国之策，王贲建议先灭赵，李斯建议先灭韩。正当嬴政尚在反复斟酌之际，没想到东郡郡守急报传来六国又将合纵的消息，李斯提出入楚探查。
赢姓宗室因为朝会一事大为不满，继而认为嬴政封赏不公，纷纷向嬴傒提出抗议，想让他亲自出面去找嬴政讨个说法。
第48集预告：嬴傒携礼拜访新丞相 嬴政力排众议保仲父
昌平君芈启继任丞相以后，便在府中设宴邀芈姓族人庆祝。嬴傒为宗室荣辱，重获任免之权，唯有带着赢杰亲自上门拜访，全程喔咿儒睨。芈启此时正在接待吕辉等人，不便出面相迎，正因如此，赢杰忿忿不平，继而与芈颠发生争执。
吕辉担心秦王政继续追究嫪毐之案，恐会牵连获罪，于是恳求芈启能够保全吕氏。然而芈宸深知其中关节深浅，不能随便妄议，索性叮嘱他们务必管好吕氏门人，稍待时机。旬日过后，嬴政在淳于越的提议下，力排众议，诏命吕不韦回到封地养老。
第49集预告：众人相送“吕相邦” 宗室欲抓郑国把柄
吕不韦将亲手整理的《吕氏春秋》留在相府，趁大清早动身欲离开咸阳，没想到秦国百姓自发相送，其他大臣也都陆续赶来。见此情形，吕不韦甚为感动，便与大家一一告别，随即把写有灭国前铺排的帛书交给李斯，叮嘱他要为大秦早日一统天下计议，尽快迎回赵姬，打开嬴政的心结。
芈华看出嬴政内心不舍，于是劝他去见吕不韦。嬴政让蒙毅抱着扶苏去给吕不韦送行，并递给他一块玄鸟玉佩。宗室众人驱逐外客之心不死，因此想要通过清查修渠账册抓住郑国的把柄。
第50集预告：谋臣勇将皆离秦国 赵偃设台千金买骨
外客寒心陆续离去，导致秦国各处各级事务陷入停滞，嬴傒、赢杰携宗亲众人前往廷尉府，想将多年积案一扫而空，由此证明宗亲执政能力。李斯离秦在即，便把自己所作的《谏逐客书》交给嬴傒，请他代为呈给嬴政。
与此同时，山东六国听闻秦国逐客，纷纷趁机廷揽人才，赵偃更是在邯郸设立金台，效仿当年燕人的千金买骨，吩咐郭开下达诏书，邀请各地士子前来共襄盛举。结果郭开非但没有奉命行事，甚至暗中私吞赏金，想要趁此机会狠狠捞上一笔。
第51集：赵国出现内乱 然而秦国更乱
郭开公然受贿贩卖官职，结果导致外客们对赵王偃以及朝堂怨声载道。顿弱、赵佾跟赵偃举报郭开克扣外客赏金，收贿受贿。郭开为洗去嫌疑，诬陷在赵的秦外客都是名利之徒，就连邯郸商户也向赵偃举报秦外客骄奢淫逸。
此时秦国因大渠决口，百姓、粮田受损严重，宗亲们既无解决办法也不想承担事故责任。在一连串的政务过失中，嬴傒想起李斯的《谏逐客书》，于是开始反躬自省，并将其内容默写一份呈送秦王政。章台宫大殿上，嬴政令宗亲们传阅此客书，从而正视自己因力有不逮致使秦国利益受损的事实。
第52集预告：李斯姚贾化解合纵危机 秦国攻打魏国首战告捷
秦国决意发兵攻魏，于是魏国先后派出使者前往赵、韩、齐求援。嬴政为防止列国救魏而合纵秦，立即让李斯、姚贾二人分别出使韩齐。李斯入韩后欲与韩非子一叙，怎料韩非避而不见。姚贾则发动在齐的秦商撕毁订单，迫使齐国驱逐魏使。
如今韩、齐不再打算支援魏国，就连赵偃也都召回庞煖。魏国孤立无援，嬴政召集所有谋臣勇将讨论攻占策略，从而为秦东出打开通道，同时也希望大家可以知无不言，共商大计。最终杨瑞和、李信决定攻占垣、蒲、衍三地。
