第9集：冯大奎出逃被杀害 陈山周海潮再起冲突
周海潮见冯大奎嘴硬，便让阿光用刑，阿光拿起鞭子抽打着冯大奎，鞭子上已经被涂上了麻痹神经的药物，冯大奎很快就没有了气息。阿光赶紧叫来医生抢救冯大奎。医生没有看出冯大奎是假死，周海潮吩咐阿光和医生一起做最后收尾的工作。正在这时，张离接到宽仁医院的电话，阿光的妻子在医院生孩子，要阿光赶紧去医院。阿光正和家人们打电话时，张离故意不小心摔坏了杯子，偷到了审讯室的钥匙。
洪京军向周海潮汇报电讯科截获的情报，这也证明冯大奎的确不是樱花。阿光找周海潮请假去医院时，周海潮却执意要让阿光先处理冯大奎的尸体后再去医院，冯大奎也只能听命，在去审讯室的路上，阿光发现钥匙不见了，想去张离的办公室里寻找，张离却已经出现在审讯室里给冯大奎补打了一针假死针。张离将钥匙留在门上，就躲在了隔壁。
张离告诉陈山，因为时间不够，自己只给冯大奎注射了一半的药量，这剂量只能让冯大奎假死三个小时。而运尸车至少要在中午以后才会出发。陈山见运尸车即将出发，便提前到校场口门口等待，打算等运尸车经过后再给荒木惟打电话，争取到时间差，在荒木惟之前劫走冯大奎，陈山的离开被洪京军看到了。
陈山跟着运尸车时，冯大奎突然在中途醒来，陈山听到枪声，感到事情不对劲，正想上前查看时，张离却出现了。张离怀疑是陈山放跑了冯大奎，陈山却说现在的当务之急是找到冯大奎，冯大奎却已经消失在人群中。阿光将冯大奎逃跑的事情告诉了周海潮，洪京军说出自己对陈山的怀疑，周海潮让洪京军先去调查清楚。
张离把冯大奎的资料给了陈山，帮助陈山寻找冯大奎。千田英子向荒木惟汇报了情况，荒木惟让她查清楚到底发生了什么。千田英子走后，陈夏听到了他们的对话，想知道陈山的情况，还做了双鞋给陈山，希望荒木惟可以交给陈山。张离来到医院找阿光，给了阿光一笔钱让他离开重庆。
周海潮知道陈山在较场口出现过后，推断陈山就是接应冯大奎的人，他吩咐洪京军跟着陈山，试图找到冯大奎。陈山来找冯大奎的路上中了埋伏，被一群人绑上车带走了。陈山醒来后，发现是荒木惟把自己绑来兴师问罪。陈山保证自己一定能够找到冯大奎，正在荒木惟惩罚陈山时，荒木惟收到了樱花的消息，荒木惟放下陈夏做的鞋子就离开了。陈山又惊又怕，抱着陈夏做的鞋子无声地哭了起来。
冯大奎通过备用联系方式联系上了樱花，并提出要用离开重庆的船票和一千美元来交换自己手里的东西。荒木惟为了得到冯大奎手里的东西，同意了冯大奎的要求。另一边，洪京军和周海潮看着陈山的车停在冯大奎家附近，却不见了人影，有些奇怪，两人决定在这里守株待兔。不一会，陈山便回来把车开走了。
陈山回到家后，发现余小晚还没有睡觉，便给余小晚做宵夜。余小晚见陈山闷闷不乐，有些担心，被陈山两句话敷衍过去。第二天一早，周海潮知道阿光带着妻儿回老家后，对阿光起了疑心。陈山上街买菜，见有人跟踪，便摆脱了周海潮的手下，独自搜查了冯大奎的家。从冯大奎家里一番搜查后，陈山得到了冯大奎和日本人接头地点的线索，通知了张离后，便一个人先来了书屋。周海潮也在书屋外盯着陈山。
陈山正抓着冯大奎，周海潮带着人进来控制住了陈山，冯大奎便趁机逃跑，陈山摆脱控制后正想追上冯大奎，却被周海潮用枪威胁着，周海潮误会陈山就是樱花，两人正在对峙时，外面传来枪声，冯大奎被千田英子打死了。陈山意识到，日本人已经拿到了冯大奎手里的东西。周海潮正准备趁没人杀了陈山时，张离赶到，救下了陈山。张离走后，陈山向周海潮建议，把樱花的嫌疑和营救冯大奎的事件都让阿光来背黑锅，这样周海潮就不会被问责。
除夕夜，陈山看着客厅的费正鹏和余小晚，感慨万千，自己还是第一次在上海以外的地方过新年。饭桌上，费正鹏说起让陈山和余小晚生孩子的事情，陈山有些尴尬。陈山送张离回家时，说起自己还有一个大哥陈河，自己的父亲最在意的就是陈河。陈山告诉张离，自己的任务期限是在惊蛰，也就是正月二十。千田英子和荒木惟找上陈山，怀疑陈山在背后破坏计划。
第10集：宽仁医院樱花现身 陈山掩护樱花换药
陈山解释自己是为了掩护冯大奎才去了书屋，荒木惟不听陈山的辩解，只是警告他，陈夏的安全完全取决于陈山在惊蛰前的表现。千田英子拿出一个绣着花的手帕，告诉陈山，如果有人用这个手帕为暗号联络他，那他就要无条件地听从用手帕联络他的人。陈山回家后，余小晚对陈山迟迟不归有些担心。余小晚
陈山来档案室拿资料，问起一级机密文件的所在地，档案室工作人员告诉陈山，一级机密文件都被转移到甲室了。陈山回到办公室，齐云提到自己去宽仁医院时，碰到了沈川，陈山心里一惊，假装想起沈川的样子，向齐云打探沈川的信息，齐云提起沈川前两年调去新建兵工厂，其他的事情，他也不太清楚。沈川在宽仁医院住院，陈山决定去见见沈川，希望能得到关于兵工厂分布图的消息。
陈山来到医院时，周海潮正带着人在医院里排查日本特务。陈山给余小晚送了宵夜，让她帮忙查找沈川的病房。陈山本想和余小晚一起回家，余小晚却说医院里有重要的病人，自己要值班。陈山来到病房看望沈川，得知兵工厂的地点极为机密，沈川在兵工厂带了两年，都不知道兵工厂到底建在哪里。
陈山正准备回家时，医院仓库突然起火，余小晚被困在了仓库里，陈山赶紧赶去仓库救余小晚，余小晚在仓库里不小心撞倒了柜子，被柜子压得不能动弹。陈山终于撞开了仓库的门，救出了余小晚。救出了余小晚，陈山却没有停止思考，陈山觉得失火并不是意外，周海潮的出现是否和余小晚口中重要的病人有关，陈山百思不得其解。沈川向陈山打听一个叫朱士龙的人，朱士龙负责给兵工厂看风水，而且知道朱士龙很有可能知道兵工厂的地址。两年前，朱士龙本来去了地质局，却因为染上鸦片瘾，消失地无影无踪。陈山从医院出来后，推断朱士龙就是一个江湖骗子，而要找一个江湖骗子，就要找江湖上的人打听。
余小晚醒来后，陈山询问余小晚是否看到过什么奇怪的人和事，余小晚说起自己在进仓库之前，看到过一个奇怪的男人，但没有看清楚到底是谁。陈山又问了一些情况后，费正鹏也赶来医院看望余小晚，见余小晚没事，便叫走了陈山。费正鹏也怀疑有人蓄意纵火，陈山也说出了自己的分析，问起医院里的重要病人是谁。
费正鹏告诉陈山，在医院的特护病房里，有十名飞虎队的队员在养伤，两天前他们遭遇了车祸，他们在宽仁医院养伤的事情十分机密，而这次的纵火，很有可能是因为飞行员们的行踪泄露。关永山决定启动一级安保措施，在和戴局长特别行动队交接之前，确保飞虎队队员的安全。荒木惟决定让樱花启用陈山，让陈山掩护樱花完成任务。
周海潮拿出宽仁医院的分布图，向众人布置保护飞行员的计划，飞行员们被秘密安排在地下病房养伤。陈山对周海潮的计划提出不少问题，周海潮都完美地解答了陈山的疑问，开始给各个科室布置任务，陈山负责整个医院的巡逻工作。陈山安排完巡逻任务正在病房里休息时，樱花用手帕联络陈山，让陈山去走廊和他见面。
陈山不想再帮助日本人害死飞行员，但是为了妹妹陈夏，他又必须按照樱花的吩咐做事，陈山必须想出一个办法，既能保住飞行员，又能让荒木惟不怀疑自己。陈山决定配合樱花，等待时机。第二天，费正鹏安排张离把盘尼西林送往医院，张离亲自把药送到余小晚手里和她交接。张离和余小晚签字确认后，周海潮提出为了保险起见，让余小晚尽快带着药去特护病房给病人用上。陈山来到走廊，和樱花见面，樱花告诉陈山，明天会有一批盘尼西林送到医院，陈山要做的，就是制造机会，掩护樱花把盘尼西林掉包。两人谈话间，周海潮悄悄走近陈山，陈山发现了周海潮，让樱花赶紧藏起来，转而和高医生聊起来。陈山引开周海潮让樱花离开。
正在这时，住院部的火警铃声大作，周海潮带着手下赶往住院部查看情况。樱花趁机在饮水处里下了药，并让陈山吃下同样的药，把余小晚引开，给自己制造进入余小晚办公室的机会。余小晚和张离正在办公室守着药，陈山的药效发作，疼得直冒冷汗，张离赶紧让余小晚锁上办公室的门，再给陈山催吐。余小晚离开后，张离让陈山赶紧告诉自己医院里的情况。
周海潮意识到是有人声东击西，赶紧回到门诊楼查看药的情况，而樱花已经将药给掉包了。周海潮怕再生事端，赶紧带着余小晚去特护病房。陈山告诉张离，盘尼西林已经被人掉包，现在当务之急，就是要告诉周海潮药已经被掉包了。陈山撬开院长办公室的门，打电话给周海潮，用假声通知了周海潮。周海潮赶紧在余小晚注射药物之前阻止了她。
周海潮向关永山和费正鹏盘尼西林被换一事，还有樱花出现在医院的事情。关永山决定将接触药品的余小晚和张离两人收押审讯，费正鹏却提出疑问，怀疑樱花还有下一步的计划。在周海潮审讯张离之前，陈山向张离传递了消息。张离告诉周海潮，只要检查药品上的指纹，就能知道是谁调换了药品。
第11集：乔瑜引爆防空洞炸弹 陈山带飞行员死里逃生
周海潮听了张离的话，让手下找杜秋平查验药品上的指纹，不久后，杜秋平在有毒的药盒上提取到了一组指纹，周海潮看出指纹上有被烫伤过的痕迹，杜秋平想起乔瑜的手指被烫伤过，伤痕和提取出的指纹一模一样。周海潮立马让手下抓捕乔瑜。另一边，陈山破坏了医院的配电箱，引开了周海潮，便来审讯室和张离见面。张离也觉得荒木惟的计划不仅仅是换药这么简单。
医院特护病房内，飞行员们拦着周海潮的手下，不让他带走余小晚。周海潮亲自来查看情况，告诉余小晚自己找到了换药的人。飞行员们因为没有得到药物治疗，情况随时会恶化，就在这时，乔瑜在医院里放了毒烟。陈山明白过来，这毒烟的目的就是为了把飞行员们赶去安全屋，而安全屋肯定已经被乔瑜做了手脚，安置了毒气和炸弹。余小晚坚持要跟在飞行员身边继续救治，被费正鹏拦住了。
陈山把自己的手枪让给张离，自己打算先找到乔瑜。陈山在防空洞后找到了乔瑜，原来当初冯大奎手里的东西就是毒气弹，如果不是冯大奎被抓住了，现在配合乔瑜执行任务的，就是冯大奎了。陈山从乔瑜嘴里套到话，乔瑜果然已经在安全屋里提起准备了定时炸弹。陈山假装担心如果周海潮没有及时把飞行员带到安全屋该怎么办，乔瑜告诉他，如果安全屋的炸弹没有炸死飞行员们，就要由他把飞行员们带进防空洞，而防空洞里也提前安置了炸弹。
另一边，张离拦住周海潮不让他带飞行员们进安全屋，周海潮以为张离是在故意拖延时间，但见张离这么肯定，便让两个小兵去安全屋里查看。两个小兵刚走到门口，安全屋就发生了爆炸。就在这时，又发生了空袭，陈山赶紧带着飞行员们进了防空洞。乔瑜见飞行员们都进了防空洞，便点燃了炸药的引线。防空洞瞬间倒塌，陈山和飞行员们都被埋在了防空洞里。张离看着眼前的废墟，不顾一切地扒开砖头试图救人。
乔瑜来找荒木惟汇报情况，荒木惟知道陈山被埋在防空洞下后，对乔瑜十分不满，他处心积虑培养陈山潜伏在军统，就这样被乔瑜毁了。周海潮想让张离当替罪羊，甚至已经帮张离写好了口供，并威胁张离指认是陈山和乔瑜合谋杀害飞虎队队员。周海潮正要对张离用刑时，余小晚冲进审讯室拦下了周海潮。几人正在僵持时，周海潮的手下来汇报爆炸现场的情况，余小晚趁机给张离松绑。关永山和费正鹏赶到现场，让周海潮赶紧救人就走了。周海潮吩咐手下抓了张离。余小晚听到陈山也在爆炸现场，十分担心，迫不及待地想去现场查看情况，就被费正鹏拦住了。费正鹏隐瞒了陈山被埋在防空洞的消息。关永山对周海潮大发雷霆，周海潮一心针对张离和陈山。关永山接到戴局长的电话后，让周海潮不惜一切代价找出凶手。
爆炸现场没有发现陈山和飞行员们的尸体，说明飞行员们没有死亡，但防空洞没有别的出口。周海潮趁机让手下散布陈山就是日谍的消息。并让各个部门在追捕陈山时，可以击毙陈山。陈山给费正鹏打电话，告诉费正鹏自己和飞行员们已经脱离险境，希望他可以派人接应自己。费正鹏让陈山带飞行员去童家桥附近的军统联络站等待接应。关永山得知消息后，欣喜不已，让费正鹏赶紧去接应陈山，自己去向戴局长汇报消息。入夜，陈山带着飞行员们悄悄转移。
第12集：陈山立功受秘密嘉奖 荒木惟让陈夏重见光明
陈山知道周海潮散布自己是日谍的消息后，抓了军统联络部的组长黄斌做人质。军统联络部的其他士兵不敢轻易抓捕陈山。费正鹏赶到军统联络部后，陈山打电话通知费正鹏，自己带着飞行员们在黄斌家里躲着，费正鹏赶去黄斌家里，看到黄斌被陈山绑住，有些疑惑，陈山便告诉他周海潮公报私仇的事情，费正鹏顾不上指责周海潮，当务之急是要先把飞行员们转移到安全的地方。
余小晚在审讯室里给张离上药，张离有些感动。张离见余小晚不知道陈山被埋在防空洞里，也不好把真相告诉她。张离问起问余小晚，当初知道肖正国牺牲时，有没有很难过。余小晚说当时自己是有一点难过，心想早知道肖正国这么短命，就不嫁给他了。余小晚以为张离想起了她消失的未婚夫，抱着张离安慰起她来。
陈山向关永山和费正鹏报道，关永山让陈山说说逃生的具体经过。陈山告诉关永山，自己在带领飞行员们进入防空洞后，就带着飞行员们逃到了下水道井口，躲过了炸弹的袭击。费正鹏有些好奇陈山是怎么知道下水道井口的，陈山解释道，自己对余小晚遇袭击一事心存疑虑，所以研究了宽仁医院的图纸，发现了这个退路。
费正鹏听了陈山的解释后，想就此结案，但是关永山却想揪出第二处里乔瑜的内应，关永山想继续审问张离，陈山向关永山建议把这件事小事化了，对外宣称飞行员已经死了。关永山却说这件事情要向上级汇报，等上级来做决定。陈山找到张离，张离看见陈山还活着，喜极而泣，两人正说着话，余小晚高兴地来找张离，告诉她关永山已经下令释放张离。
累了一天的陈山回到家，不知不觉地在椅子上就睡着了，余小晚贴心地给陈山盖了被子。第二天，陈山把张离叫到办公室后，张离迫不及待地问起飞行员的消息，以及荒木惟是否对陈山产生怀疑，两人正说着话，费正鹏来到办公室找陈山，并让张离回避。张离在门口偷听着，听到费正鹏让陈山换上军装。陈山换上军装后，费正鹏秘密宣读了蒋委员长给陈山的嘉奖。陈山松了一口气，知道上级已经接受自己的建议，将飞行员的消息封锁了。
周海潮又来贿赂关永山，并在关永山面前说起这次飞行员事件的疑点。关永山却打断了他，并让他以后不要再提这件事，周海潮也不好再说什么。陈山正在闲逛时，千田英子又找上了陈山。荒木惟怀疑陈山既然能活着出来，那么飞行员也可能活着。陈山一番辩解，荒木惟暂时相信了陈山的说法。荒木惟让陈山杀掉乔瑜，陈山没有下手。荒木惟告诉陈山，只要拿到兵工厂分布图，就能见到陈夏。
荒木惟请来竹也医生，给陈夏治疗眼睛。手术很成功，陈夏恢复了视力，但是看东西却很模糊。荒木惟让陈夏先回上海，等陈山任务结束后，再带陈夏去日本做进一步的治疗，陈夏却不想去，想和陈山通一次电话，荒木惟没有理会陈夏的要求。
陈山找到一个叫黄豆的小朋友，向他打听朱士龙的下落。黄豆很快打听到朱士龙在三个月前因为涉嫌杀人进了第二监狱。陈山来到第二监狱找朱士龙，向他打听兵工厂的位置。朱士龙一听，便让陈山帮自己离开监狱。为了让陈山相信自己，朱士龙给了陈山一个提示。陈山根据朱士龙的提示来到中梁山尖刀峰，果然发现在这个山头上设立了检查闸口。陈山和张离商量，自己决定拿到图纸后就和费正鹏摊牌，让军统配合自己。
谍战深海之惊蛰第13集 预告
宽仁医院发生空袭，周海潮赶紧带人把飞行员们带进防空洞，这正中樱花下怀。樱花引爆了炸弹，飞行员们被掩埋在废墟之中。关永山大发雷霆，赶紧让周海潮搜救飞行员们，余小晚听说陈山也在现场时，想去现场找陈山，被费正鹏阻止了。关永山要求不惜一切代价，找出凶手，周海潮想用张离做替罪羊。
