第12集：陈山立功受秘密嘉奖 荒木惟让陈夏重见光明
陈山知道周海潮散布自己是日谍的消息后，抓了军统联络部的组长黄斌做人质。军统联络部的其他士兵不敢轻易抓捕陈山。费正鹏赶到军统联络部后，陈山打电话通知费正鹏，自己带着飞行员们在黄斌家里躲着，费正鹏赶去黄斌家里，看到黄斌被陈山绑住，有些疑惑，陈山便告诉他周海潮公报私仇的事情，费正鹏顾不上指责周海潮，当务之急是要先把飞行员们转移到安全的地方。
余小晚在审讯室里给张离上药，张离有些感动。张离见余小晚不知道陈山被埋在防空洞里，也不好把真相告诉她。张离问起问余小晚，当初知道肖正国牺牲时，有没有很难过。余小晚说当时自己是有一点难过，心想早知道肖正国这么短命，就不嫁给他了。余小晚以为张离想起了她消失的未婚夫，抱着张离安慰起她来。
陈山向关永山和费正鹏报道，关永山让陈山说说逃生的具体经过。陈山告诉关永山，自己在带领飞行员们进入防空洞后，就带着飞行员们逃到了下水道井口，躲过了炸弹的袭击。费正鹏有些好奇陈山是怎么知道下水道井口的，陈山解释道，自己对余小晚遇袭击一事心存疑虑，所以研究了宽仁医院的图纸，发现了这个退路。
费正鹏听了陈山的解释后，想就此结案，但是关永山却想揪出第二处里乔瑜的内应，关永山想继续审问张离，陈山向关永山建议把这件事小事化了，对外宣称飞行员已经死了。关永山却说这件事情要向上级汇报，等上级来做决定。陈山找到张离，张离看见陈山还活着，喜极而泣，两人正说着话，余小晚高兴地来找张离，告诉她关永山已经下令释放张离。
累了一天的陈山回到家，不知不觉地在椅子上就睡着了，余小晚贴心地给陈山盖了被子。第二天，陈山把张离叫到办公室后，张离迫不及待地问起飞行员的消息，以及荒木惟是否对陈山产生怀疑，两人正说着话，费正鹏来到办公室找陈山，并让张离回避。张离在门口偷听着，听到费正鹏让陈山换上军装。陈山换上军装后，费正鹏秘密宣读了蒋委员长给陈山的嘉奖。陈山松了一口气，知道上级已经接受自己的建议，将飞行员的消息封锁了。
周海潮又来贿赂关永山，并在关永山面前说起这次飞行员事件的疑点。关永山却打断了他，并让他以后不要再提这件事，周海潮也不好再说什么。陈山正在闲逛时，千田英子又找上了陈山。荒木惟怀疑陈山既然能活着出来，那么飞行员也可能活着。陈山一番辩解，荒木惟暂时相信了陈山的说法。荒木惟让陈山杀掉乔瑜，陈山没有下手。荒木惟告诉陈山，只要拿到兵工厂分布图，就能见到陈夏。
荒木惟请来竹也医生，给陈夏治疗眼睛。手术很成功，陈夏恢复了视力，但是看东西却很模糊。荒木惟让陈夏先回上海，等陈山任务结束后，再带陈夏去日本做进一步的治疗，陈夏却不想去，想和陈山通一次电话，荒木惟没有理会陈夏的要求。
陈山找到一个叫黄豆的小朋友，向他打听朱士龙的下落。黄豆很快打听到朱士龙在三个月前因为涉嫌杀人进了第二监狱。陈山来到第二监狱找朱士龙，向他打听兵工厂的位置。朱士龙一听，便让陈山帮自己离开监狱。为了让陈山相信自己，朱士龙给了陈山一个提示。陈山根据朱士龙的提示来到中梁山尖刀峰，果然发现在这个山头上设立了检查闸口。陈山和张离商量，自己决定拿到图纸后就和费正鹏摊牌，让军统配合自己。
第13集：江元宝被抓指认陈山 张离找到关键证据
张离将荒木惟试图得到重庆兵工厂分布图的计划告诉组织的人，张离希望组织上能够支持自己配合陈山行动，张离认为，通过陈山的计划，就有机会可以打入日本特务的内部。周海潮在街上遇到了江元宝，江元宝见势不妙，撒腿就跑，可还是被周海潮追上了。周海潮发现江元宝身上的印记，便认定他已经被日本人收买，江元宝赶紧辩解自己不是汉奸，自己回重庆的目的只是为了接走自己的妻子。江元宝见周海潮执意要带走自己，为了转移周海潮的注意力，便告诉周海潮现在的肖正国是假冒的，周海潮大喜过望，觉得自己终于抓到了陈山的把柄。
费正鹏和余小晚陈山等着张离吃饭时，周海潮带着江元宝来了，周海潮一脸得意地看着陈山，江元宝也告诉众人出陈山假冒肖正国的事情，还将自己在上海见到陈山的情景描述一番，陈山不慌不忙地要周海潮带着江元宝回第二处甄别身份，周海潮冷笑一声，要求给陈山验血，和肖正国当年在黄埔军校留下的体检报告进行比对。费正鹏阻止周海潮带走陈山，周海潮拿出了关永山的亲笔签署的逮捕令打压费正鹏，余小晚堵着门口不让周海潮带人，陈山则不慌不忙地交出手枪，一副悉听尊便的样子，在陈山和费正鹏余小晚道别时，江元宝则趁乱逃跑了。
陈山被带回第二处验血，费正鹏来找关永山质问，关永山说如果自己是为了费正鹏着想，如果陈山真的是日本间谍，那费正鹏肯定会被认为是陈山的同党。关永山告诉费正鹏，在肖正国的体检报告送到第二处之前，自己不会把消息发出去。
余小晚担心着陈山，迟迟睡不着觉，不知不觉，陈山已经在余小晚心里占据了重要的位置。余小晚恳求张离帮自己救出陈山，张离答应余小晚自己会想办法。陈山身份被怀疑的事情，很快被千田英子知道，千田英子慌张地向荒木惟汇报，荒木惟却依旧镇定自若，只让千田英子去先打探情况。张离贿赂了看守陈山的阿强，借口给陈山送被子来到监禁室。
张离正鼓励陈山用尽一切手段摆脱困境时，周海潮来到监禁室向陈山冷嘲热讽，陈山见到周海潮的怀表上有很多划痕，想起李伯钧死之前也许就是想给自己看那块怀表。陈山猜到肖正国很有可能就是周海潮杀的，张离也从种种线索中推理出杀害肖正国和李伯钧的凶手很有可能就是周海潮，只要能找到证据让周海潮的罪行败露，那么陈山出逃和翻盘的机会就会大很多。
张离来到李伯钧家里四处搜查，终于找到了那封刘成给李伯钧的信。张离马上把信交给费正鹏，并将自己的推断说了出来，费正鹏听了张离的话，表情严肃，迟迟没有说话。洪京军正想向周海潮汇报张离去找费正鹏时，阿强急急忙忙地告诉周海潮，有人发现江元宝的行踪。周海潮悄悄来到江元宝家里，江元宝正和妻子收拾行李，准备逃走。张离安慰余小晚，再耐心等待几天，一切就会见分晓。
第14集：陈山身份暴露张离相救 费正鹏抓捕余小晚
张离告诉陈山，自己已经把信交给了费正鹏，陈山猜测费正鹏一定会马上抓捕周海潮，只要处里一乱，陈山逃脱的机会就更大了。周海潮一进第二处，费正鹏就把周海潮抓到了关永山那里，费正鹏向关永山汇报了情况。周海潮强行辩解，并强作镇定地让关永山查证，愿意接受调查。关永山吩咐人去向刘成核实信件真伪后，就有人来汇报，江元宝已经找到了。
原来昨天晚上，周海潮偷偷来到江元宝家里，用江元宝的妻子做人质，让江元宝交出了枪。江元宝求周海潮放过自己，周海潮却说自己是来带江元宝回第二处论功行赏，江元宝松了口气，以为周海潮打算让自己离开了，没想到周海潮杀害了江元宝和他的妻子，把现场布置成江元宝畏罪自杀的样子，还伪造了江元宝的遗书，让江元宝承担了杀害李伯钧和肖正国的罪名。而上海的刘成也莫名其妙地失踪了，这下死无对证，周海潮的嫌疑反而被洗清了。
趁着第二处里的人大部分都离开了，张离带着组织里伪装成防疫所的人，假装来给牢房消毒，把看守牢房的人控制住，打算趁机救出陈山。张离正在门口放哨，周海潮正好回来，对张离颇有怀疑，和伪装成防疫所的人擦肩而过，要求他们打开消毒水桶检查，陈山就被藏在消毒水桶中，两人打晕了周海潮，正打算离开时，就被门口的人拦下，要求检查后车厢，张离见无法蒙混过关，开车强行冲开了闸口，带着陈山离开了。
洪京军见势不妙，发现晕倒在地的周海潮，周海潮让他赶紧去牢房查看，发现陈山逃跑后，第二处的人倾巢出动，抓捕陈山。关永山知道后，只觉得十分耻辱，正在这时，肖正国的体检报告也已经送来，肖正国的血型是A，陈山的血型是B，陈山的身份暴露无遗。关永山把矛头指向了费正鹏，费正鹏辩解自己是太信任陈山，主动请缨带队抓捕余小晚，以证清白。
陈山打算去石板坡监狱里找朱士龙获得重庆兵工厂的分布图，张离也给陈山在监狱里安排了接应的人。张离打算让陈山给日本人交一份假的兵工厂分布图，而为了让日本人相信自己拿到的是真图，就要造成重庆损失惨重的假象，要做到这一点，就必须要在军统内部有人配合，张离认为，费正鹏就是最好的人选。张离为了让陈山能够顺利逃脱，还拜托了石板坡监狱的副狱长四眼掩护陈山越狱。组织上的人希望张离争取和陈山一起回到上海，打入日本间谍机关。
费正鹏来到宽仁医院找余小晚，告诉余小晚陈山假冒肖正国的事情，并要求余小晚在被审讯时一定要撇清关系，只说自己一直被陈山蒙蔽。周海潮亲自审问余小晚，余小晚不肯相信陈山是假冒的，以为是周海潮在陷害陈山。周海潮苦口婆心地劝着余小晚，告诉余小晚张离和陈山已经远走高飞，她被两人给蒙骗了，余小晚说什么也不信周海潮。
陈山进入石板坡监狱，看见朱士龙被一伙以光头为首的犯人故意刁难，便上前为朱士龙出头，狠狠地打了他们一顿，狱警赶到，将朱士龙和陈山一起关进了禁闭室。朱士龙看出陈山不是肖正国，知道他是为了兵工厂分布图而来。陈山和四眼接头，将朱士龙从禁闭室带了出来。朱士龙早已把兵工厂分布图画在了自己背上，给陈山展示后，让陈山把自己救出去，自己再把细节告诉陈山。
费正鹏要求先释放了余小晚，如果余小晚真的是陈山的同伙，那么释放余小晚后，陈山一定会来找余小晚。费正鹏表示，如果余小晚真的是日本间谍的帮凶，那就是全民族的敌人，也就是自己的敌人，自己绝对不会姑息。
谍战深海之惊蛰第15集 预告
余小晚向张离打听陈山的下落，张离让余小晚再等几天。张离带着假扮成防疫所的人来给牢房消毒。张离正要离开时，被周海潮叫住，周海潮对张离起了疑心，拦下装着陈山的消毒水桶，要求张离打开盖子给他检查。
谍战深海之惊蛰第16集 预告
张离在李伯钧家里找到了当初那封消失的信。张离向费正鹏汇报，把信交给了费正鹏，并怀疑当初向肖正国背后开枪并杀死李伯钧的人就是周海潮。周海潮一到第二处，就被人团团围住。
