第1集：军统特工肖正国牺牲 荒木惟盯上小混混陈山1941年，上海冬天的清晨，街道被浓浓的雾气所笼罩，街上时不时地传来清扫街道的声音，肖正国正和两个手下在电影院里等待着交接时间，为了不在上海留下痕迹，肖正国没有选择住旅馆，而是在电影院过了一个通宵。离交接时间还有半小时，肖正国三人提前十五分钟到达了交接地点，他的心里却升起一股不祥的预感，肖正国让周海潮去货仓北边接应飓风队的人，自己则和江元宝两人观察地形，为及时撤退做准备，殊不知，有一支枪口已经悄悄对准了他。
周海潮正和飓风队的人接应上，埋伏的敌人开了枪，肖正国受伤，赶紧大声提醒让同伴们逃跑，可江元宝还是被敌人给包围了。周海潮和肖正国拼命地逃跑，两人却在浓雾里走散，身后的敌人紧追不舍，周海潮回到电影院，发现了受伤的肖正国，出人意料的是，周海潮却朝着肖正国开了一枪。
一路追着他们的日本人也赶到电影院，领头的人见肖正国倒在地上，赶紧叫人把他送进医院，可惜肖正国已经身亡。尚公馆内，特务科科长荒木惟听手下汇报，肖正国来到上海的目的是为了通知飓风队启动刺杀楠木少将的计划，还将启动一名代号叫雄狮的卧底，而他们还不清楚雄狮的具体身份。荒木惟来到审讯室审问江元宝，江元宝最终没有忍受住酷刑。
上海街道上，陈山正和两个兄弟蹲在路边，正打算在米高梅夜总会赚上一笔。几人进去后，荒木惟也带着手下进入了夜总会。陈山告诉两人，锦绣布庄的上门女婿和一个舞女相好，偷了布庄二十根金条打算和舞女私奔，只要几人拿回金条，就有两根金条的报酬。另一边，荒木惟与麻田和横山见面，麻田对荒木惟颇有微词，几句话之后，麻田介绍上海交际花唐曼晴给荒木惟认识，唐曼晴和几人的交谈正好被陈山看见。
就在这时，陈山几人也等到了自己的目标黄莺，黄莺拿到了一个包，正想回房间，就被唐曼晴叫去和麻田见面，黄莺也只好把包交给别人，陈山见状，赶紧跟了上去。荒木惟见到陈山的长相，十分诧异他和肖正国长得十分相像。陈山正在化妆间里撬黄莺柜子里的锁，黄莺却已经从酒局里抽身，陈山的兄弟皮鞋赶紧给陈山提醒，陈山来不及出去，只好躲了起来。
黄莺一进门，就被横山拦住，横山借着酒劲想对黄莺动手动脚，陈山却看不下去，对横山大打出手，两人扭打中，横山的枪走了火，在楼下听到枪声的日本人赶紧上楼查看情况，陈山被几人控制住。
陈山在麻田面前想耍小聪明保住性命，麻田本不吃他这一套，唐曼晴开了口，希望麻田把陈山交给自己处置，麻田正想答应，荒木惟却开口阻拦，看出陈山是早就在房间里埋伏着，在荒木惟和唐曼晴的质问下，陈山只好实话实话。荒木惟听了陈山的一番推理，对他颇有兴趣，又询问陈山是否找到了金条，陈山在生死危机下找到了金条，正在高兴自己死里逃生时，就被荒木惟打晕过去。荒木惟吩咐手下千田英子查清楚陈山的底细，陈山有一兄一妹，哥哥陈河下落不明，妹妹陈夏是一个盲人，陈山父亲因为工伤瘫痪，陈山则是靠捉奸讨债为生。
千田英子来到陈山的家，找到陈夏，把陈夏骗去了尚公馆，陈夏虽然是个盲人，却能分辨出千田英子带来的人是男是女，这让千田英子有些惊讶。陈山从昏迷中醒来，趁看守的两人不注意，解开了锁链，慌不择路的陈山逃进了一间仓库，却被人把房间封死了，陈山利用电灯炸开了木门，再次落荒而逃。
以为自己安全了的陈山却接到了荒木惟的电话，陈山不解荒木惟为什么会知道自己会接电话，荒木惟却说这不重要，他们之间，新的游戏又要开始了。
第2集：陈山受威胁接受特训 考验结束前往重庆
陈山质问荒木惟究竟要做什么，荒木惟却不慌不忙地告诉陈山，如果他还想见到陈夏，就赶紧到尚公馆来，并告诉陈山，他只有半个小时的时间。陈山得知陈夏被荒木惟的手下带走后，心急如焚，一路狂奔赶去尚公馆，因为急于赶路，陈山还差点被一辆车撞到。
陈山一路赶到尚公馆，一进门就看见荒木惟拿枪正指着陈夏，荒木惟支走陈夏，留下陈山，荒木惟拿枪指着陈山，突然开始询问陈山刚刚路上那辆差点撞到他的车，车牌号是多少，路上的杂货铺叫什么名字，陈山答对了荒木惟的前两个问题，却没能答对最后一个问题，正在陈山猜测着荒木惟打算轰炸重庆的时候，荒木惟突然往陈山的脖子上开了一枪，又迅速让医生抢救陈山。
陈山醒来后，意识到自己对荒木惟有利用价值，但是不明白荒木惟到底想做什么，不明白荒木惟为什么选择自己。荒木惟告诉陈山，因为陈山和肖正国长得很像，如果想要陈夏平安无事，陈山就必须变成肖正国。
陈山觉得这是一个不可能完成的任务，千田英子告诉陈山，肖正国是一个孤儿，在和妻子余小晚第一次见面后，就奉余父余顺年的命令和其结婚，婚后第二天就去了战场，在国民革命军第八十八师服役后，两人就再也没有见面，在重庆担任第二处侦防科科长后就去了上海，还死在了上海，所以在重庆第二处，除了一个叫李伯钧的昔日战友，几乎没有人熟悉肖正国。陈山却听不进这些信息，只求荒木惟放过陈夏。
荒木惟则开始对陈山进行特训，让他记住关于肖正国的一切，记住认识肖正国的所有人的身份信息，因为肖正国是左撇子，陈山还要把自己的惯用手改为左手，除此之外，陈山还要学习摩斯电码，交谊舞等等课程，荒木惟要让陈山十足十地模仿肖正国，让陈山彻底成为肖正国。在一次格斗术的测试中，陈山将五个日本士兵打倒在地后，荒木惟狂笑着，又叫了五个人来和陈山对打，体力不支的陈山绝望地夺了一支枪，打死了一名日本兵，荒木惟不怒反喜，称赞陈山终于学会了杀人，但第一次杀人的陈山却无法承受心理压力。
为了检验陈山的训练成果，荒木惟特意叫来了江元宝和陈山见面。江元宝见到陈山，下意识地以为陈山就是肖正国，虽然怀疑陈山的声音变化，陈山则解释是因为脖子上的枪伤损伤了声带。江元宝没有认出陈山，荒木惟却叮嘱陈山不能大意，到了重庆，陈山根本没有犯错的机会，他要求陈山拿到绝密的兵工厂分布图。
江元宝交代的情报里提到，陈山所顶替的肖正国需要单线联系一名潜伏在特务科代号名为雄狮的卧底，而现在却没有人知道雄狮的真实身份，只有让陈山去和雄狮接头，启动计划，才能让雄狮暴露身份，这次接头，也是对陈山的一次考验，只要陈山通过了这次考验，就可以去重庆执行任务，如果陈山露陷，那么陈夏和雄狮，都会落在荒木惟的手里。
陈山来到接头的咖啡馆里，准备和雄狮接头，荒木惟则在对面的楼上埋伏着。陈山和雄狮接头后，坐在荒木惟安装好窃听器的桌子上。出乎荒木惟意料的是，雄狮竟然和肖正国认识，在两人交谈时，千田英子已经开始着手调查雄狮的底细。
肖正国开始给雄狮布置刺杀任务，告诉雄狮明年惊蛰前楠木会来到上海，让雄狮调查楠木将军届时的出行计划和详细地址，再将情报秘密传回重庆，雄狮听完任务，有所期待地想让肖正国回答上次两人离别时，雄狮问肖正国的问题，陈山想借口离开，雄狮一再追问，陈山重新镇定下来，对雄狮一番劝慰，雄狮却怀疑起肖正国的身份，以前的肖正国绝对不会对自己这么温柔。陈山赶紧解释，雄狮没有继续质问陈山，转而说起当初肖正国给自己买过烟，并提出想让陈山再给自己买一包，荒木惟担心陈山无法过关，吩咐手下只要陈山一旦露馅，就将雄狮逮捕。
没想到陈山猜对了香烟的牌子，虽然陈山顺利过关，但是荒木惟却对陈山不满意，以陈山今天的表现，差一点就暴露了。荒木惟安排陈山第二天就去重庆，陈山要求临走前去见一眼自己的父亲，荒木惟却拒绝让陈山见他的任何一个故人，陈山则闹了脾气，不见父亲就不去重庆，荒木惟同意让陈山回去见父亲一面。但是陈山只能远远地看着自己的父亲，不能上前看望。陈山正和千田英子回去的路上，被一个叫刘芬芳的人叫住，正和陈山纠缠时，千田英子把刘芬芳打倒在地，开枪吓唬他，陈山趁机让刘芬芳在明年惊蛰前送信。
陈山的两个兄弟菜刀和皮鞋见陈山下落不明，有些担心陈山，两人则替陈山照顾陈山的父亲。陈山临去重庆前，荒木惟提醒陈山，他最大的敌人就是肖正国的妻子余小晚，只要陈山稍不注意，就有可能会被余小晚识破身份。
谍战深海之惊蛰第3集 预告
陈山回到重庆第二处，周海潮正和余小晚拉拉扯扯时，见到突然出现的陈山，十分诧异。余小晚提醒陈山当初自己和肖正国的约定，两人只是明面上的夫妻。余小晚看出肖正国和以前不一样。
谍战深海之惊蛰第4集 预告
陈山按照荒木惟的交代，来到老巴黎理发店找一位裘师傅，裘师傅会给陈山安排第一个任务，陈山正在街上走着，突然有人开枪闪人。
