施琅派人去请两个神弩将军，要将冯锡范和陈近南等人一网打尽，陈近南劝施琅一起回台湾共同恢复前朝，施琅坚决不干，并且讲明十五分钟以后就对他们大开杀戒，陈近南以迅雷不及掩耳之势制服施琅。
冯锡范赌气要杀了施琅，陈近南不想滥杀无辜，冯锡范恼羞成怒，他一声令下，手下的四个杀手一起冲上来，把陈近南团团围住，陈近南没出几招就把他们全部打晕，冯锡范和郑克爽前后夹击，刺中陈近南的胸膛。
韦小宝气得暴跳如雷，不顾一切冲上来要和冯锡范拼命，六个老婆一起去冲上来和冯锡范大打出手，他们根本不是冯锡范的对手，只能退进山洞，韦小宝也赶忙跟进去，郑克爽在洞口放火，想把韦小宝等人熏出来，韦小宝拎着双枪出来，冯锡范和郑克爽吓得跪地求饶。
韦小宝把双枪交给双儿，他立刻赶过去看陈近南，陈近南因为伤势过重，已经奄奄一息，他命令韦小宝送郑克爽和冯锡范回台湾，否则会死不瞑目，陈近南最后一句话没说出来就气绝身亡，韦小宝伤心地痛不欲生，赌气要杀了郑克爽，郑克爽吓得连连求饶，好提醒韦小宝不要违背师命，韦小宝逼他偿还一万两银子，郑克爽竟然要以阿珂相抵，阿珂赌气跳海自杀。
建宁公主催韦小宝去救阿珂，因为阿珂怀了孩子，韦小宝不顾一切冲上去，苦苦恳求阿珂留在他身边，承诺永远对他们母子俩好，阿珂只好承认孩子是韦小宝，韦小宝又惊又喜，好说歹说把阿珂劝回来。
韦小宝埋葬了陈近南，让冯锡范和郑克爽在坟前磕头谢罪，答应饶他们一死，郑克爽必须赔偿380万两银子，还逼他用手指血在陈近南的扇面上写下欠条，郑克爽只好照办，韦小宝让苏荃确认无误，就放他们离开。风际中拦住冯锡范和郑克爽，要杀了他们为陈近南报仇，可他不是冯锡范的对手，就把韦小宝叫到一边。
风际中劝韦小宝把郑克爽送去京城，皇上肯定会对他既往不咎，韦小宝万万没想到他竟然是皇上的卧底，就在他们俩商量对策的时候，风际中和郑克爽早已经驾着小船逃走了。风际中不甘心，就让韦小宝接任天地会总舵主，借给陈近南发丧的机会，把天地会的弟子一网打尽，然后回去向皇上交差，韦小宝不想做这么丧尽天良的事，借口三个老婆怀孕，不适合长途劳顿为由，答应从长计议。
风际中挟持了韦小宝，双儿等人闻讯赶来，拔枪对准风际中，风际中逼她把枪放下，否则就杀了韦小宝，双儿只好照办，风际中捡起手枪，逼眼前的六个人放下武器，风际中发现缺了一个人，苏荃在背后开枪把风际中击中，建宁公主拿起地上的手枪，才发现没有扣动扳机，他无意中扣下，击中了风际中的后背，他当场气绝身亡。
施琅回京向皇上复命，皇上得知陈近南已死，心里松了一口气，他想王进宝和赵良栋二人问责，他们俩吓得跪下认罪，承认放了韦小宝，皇上派他们俩带兵一个岛一个岛搜寻韦小宝的下落。王进宝很快发现韦小宝的下落，他惊喜万分，下令官兵把他团团围住，围着他转圈，韦小宝被转的头晕脑胀，建宁公主及时赶来，狠狠教训了王进宝，想带韦小宝回去。
第40集：韦小宝和皇上赌气继续留在孤岛 韦小宝跟施琅去台湾安葬陈近南
皇上对韦小宝既往不咎，让韦小宝回来参加他的大婚，皇上派韦小宝铲除天地会，再去打吴三桂，就答应把建宁公主许配给他，韦小宝陷入两难。
韦小宝勉强接过圣旨，可心里已经打定主意要抗旨，他把张康年打发走，韦小宝向王进宝说明心中的想法，他不能做不忠不义的人，拜托王进宝回去向皇上复命，否则他就以死谢罪，王进宝反而劝韦小宝，韦小宝兴之所至，请王进宝陪他赌掷骰子。建宁公主，阿珂和苏荃都即将临盆，她们疼得大呼小叫，韦小宝发誓做牛做马报答她们的大恩，双儿手忙脚乱帮她们三人接生，顺利生下三个小宝宝，韦小宝激动地说不出话来。、
不久之后，皇上派赵良栋来海岛见韦小宝，不但没有治他的罪，反而加官进爵，建宁公主迫不及待想回京城，赵良栋只是奉命带人来保护韦小宝，还送来粮食和物资。韦小宝早已经厌烦了岛上枯燥的生活，主动提出带兵攻打吴三桂，皇上早就猜到韦小宝的心思，让他先铲除天地会，再去攻打吴三桂，韦小宝只好继续留在岛上。
赵良栋回京向皇上复命，皇上赌气让韦小宝困在海岛一辈子。韦小宝终日无所事事，他百无聊赖，他仰望漫天星辰，不由地想起皇上，心里百感交集，此时，皇上也在宫殿外枯坐，思念着远在海岛的韦小宝，直到困得睁不开眼睛，才回去休息。
转眼三年时间过去了，皇上派兵攻打吴三桂，很快把他打败，之后又派施琅进攻台湾，郑克爽不战而退，皇上终于完成收复台湾的心愿，他召集文武百官商量如何处置台湾问题，康亲王建议将当地的军民迁入内地，舍弃台湾这座孤岛，索额图赞成康亲王的想法，图海不同意把银子浪费在这方面，明珠模棱两可，说不出切实可行的办法。皇上一时不知道该如何抉择，只好回来找太后商量，不知道派什么人处理台湾问题。
今天是九难的忌日，韦小宝来到坟前祭拜，向他哭诉在岛上无聊的生活，韦小宝每天吃鱼，他都快吐了。就在这时，施琅划着小船来给韦小宝传旨，皇上给韦小宝加官进爵，韦小宝得知皇上的心愿已了，他知道自己再也回不去了，只好来陈近南的坟前哭诉。
韦小宝得知施琅奉命要去台湾，就响彻你寄回把就能的遗体送回去，让他落叶归根，韦小宝热情地招呼施琅吃海鲜，建宁公主亲自给他上菜，施琅受宠若惊，韦小宝答应在皇上面前为他美言几句，他很快就会飞黄腾达，施琅感激不尽，当即决定向皇上请命，让韦小宝和他一起去台湾，建宁公主在一旁帮腔，口口声声称时间太久会引起别人对施琅的闲言碎语，施琅考虑再三，决定即刻带韦小宝去台湾。
韦小宝派人把陈近南的遗体抬到船上，他们一起踏上了去台湾的征途。韦小宝担心此次行程凶多吉少，就把建宁公主和孩子们安顿在直沽，苏荃和方怡愿意留下来保护建宁公主。施琅和韦小宝等人很快来到台湾的鹿耳门，官兵们夹道欢迎，还带来台湾的特色水果。
皇上得知施琅代合韦小宝去台湾了，他不由地心中暗喜。施琅接到京城来的密信，得知是皇上想吧台湾舍弃，担心外国人趁机进攻台湾，他连夜来找韦小宝求助，向韦小宝详细讲述了台湾的重要性，而且台湾几十万百姓也会不得安宁。
王进宝让张康年宣读皇上圣旨，韦小宝打开圣旨，看到皇上含泪做的画，他感动地热泪盈眶， 张康年拿出皇上给韦小宝的密旨。
第41集：韦小宝和施琅建议留台湾军民 韦小宝奉旨回京城复命
韦小宝给施琅出主意，让他亲自去京城向皇上说明台湾的情况，就可以堵住百官的流言蜚语，韦小宝还拜托施琅传话给皇上，他要留守台湾安抚民心，施琅即刻启程回京复命。
施琅很快回到京城，向皇上转达了韦小宝留守的想法，皇上征求文武百官的意见，索额图和康亲王建议派人训斥韦小宝一顿即可，皇上怀疑他们得了韦小宝的好处，其他官员建议夺了韦小宝的爵位，皇上征求明珠的意见，他含糊其辞，就是不表明态度。
皇上决定接受韦小宝的建议，让台湾军民继续留守，不用迁徙至内地，施琅替台湾军民叩谢皇上隆恩。韦小宝一上任就赦免了监牢里的犯人，台湾军民送他万民伞，皇上看到这把伞，对韦小宝赞不绝口。
皇上派张康年和赵齐贤去接韦小宝进京，他们俩不敢耽搁，日夜兼程来到直沽，迫不及待想带韦小宝回京，韦小宝借口要去换一件干净衣服，他偷偷想溜走，被张康年和赵齐贤当场逮到，韦小宝重金买了小贩的破衣服，跟着他们俩回京了。
韦小宝故意灰头土脸来皇宫，把腰牌交给侍卫，太监闻讯赶忙出来迎接，韦小宝推门进了南书房，看到皇上在塔上打盹，就给他扇扇子，皇上被吵醒，看到眼前衣衫褴褛的韦小宝，他又惊又喜，韦小宝向他详细汇报了这一路来的艰难困苦，皇上狠狠教训了韦小宝，埋怨他回来太晚了，韦小宝赶忙跪地认错。
皇上得知韦小宝已经有三个孩子，也替他高兴，更没想到一向娇生惯养的建宁公主能给韦小宝生孩子，皇上让韦小宝转一转那把万民伞，对韦小宝的丰功伟绩赞不绝口，韦小宝汇报台湾军民安居乐业的盛况，皇上感谢他和施琅力荐，才没有劳民伤财把台湾军民迁入内地。
韦小宝趁机向皇上认错，他做不到忠义两全，皇上没有真的想让韦小宝去打天地会，他送给韦小宝一件礼物，韦小宝赶忙出宫去取，没想到是被他暗杀的多隆，韦小宝吓得魂飞魄散，以为多隆是来索命，他吓得躲在一边，多隆对他紧追不舍，韦小宝才知道多隆没死，他羞愧难当。
多隆堵住韦小宝，他只记得当年和韦小宝一起喝酒，之后就被人暗杀，所幸只刺伤肾脏，多隆才侥幸逃生，韦小宝口口声声称他把刺客杀死，多隆奉皇上之命，不再提及过去的那件事，他带韦小宝去见索额图，康亲王和图海等人，他们和韦小宝久别重逢，激动之情溢于言表。
康亲王和索额图等人带韦小宝来到一处大宅子，那是皇上派人给韦小宝新建的，韦小宝进门看到丫鬟和仆人都是以前的老人，就连小猴子也在，韦小宝激动万分。
韦小宝环顾四周，发现宅子里挂了108个粉红灯笼，他感觉回到了家乡扬州，皇上还为韦小宝定制了一条船，韦小宝想起小时候跟着母亲乘船买莲藕的往事。随后，索额图，康亲王等人陪韦小宝开怀畅饮，韦小宝突然想起郑克爽还欠他的380万两银子，索额图答应帮他去要，韦小宝拿出郑克爽当年写在扇子上的血书，索额图觉得钱财太多，担心引起别人的非议，韦小宝答应把钱分给他们这些老部下和手下的兄弟们。
