皇上对进宫行刺的三个刺客耿耿于怀，让韦小宝带领御前侍卫和骁骑营的官兵在皇宫搜捕，务必把刺客全部抓住，韦小宝找借口推诿，皇上口口声声称他是福将，韦小宝只能硬着头皮去搜寻。
归氏夫妻和钟儿混迹于侍卫中，他们偷偷跟着韦小宝回屋，强行逼他把皇上的下落说出来，韦小宝谎称在南书房，归妻就让韦小宝带路，韦小宝坚决不干，归氏夫妻拎着韦小宝的耳朵去找人。
陈近南派人打探归氏夫妻的下落，一直没有任何消息，怀疑他们一家三口已经被杀，陈近南怀疑韦小宝向皇上报信，发誓对他绝不手软。韦小宝硬着头皮带归氏一家三口来到南书房，这里除了两个侍卫空无一人，韦小宝谎称皇上去厕所，他们三人坐在龙椅上耐心等候。
就在这时，索额图带侍卫们冲进南书房，开枪把归氏一家三口当场击毙，皇上随后赶来，下令把他们三人的尸体抬下去喂狗。韦小宝躲在书桌下面瑟瑟发抖，皇上把他叫出来，口口声声称他给自己打赌，相信韦小宝是一个忠臣，韦小宝连连夸皇上神机妙算，洪福齐天。
皇上越想越生气，当面揭穿韦小宝是天地会青木堂香主，韦小宝吓得跪地求饶，连连向皇上表忠心，皇上狠狠教训他一顿，没想到他竟然跟着天地会的人恢复前朝，韦小宝承诺马上回去退出天地会，皇上逼他戴罪立功剿灭天地会，对他们斩草除根，还要把沐王府的人一起抓来，否则就把韦小宝杀死，韦小宝顿时惊呆了。
皇上拿出一份天地会成员的名单，让韦小宝把上面42个人全部抓来，韦小宝讨价还价去劝降这些人，皇上顿时勃然大怒，赌气要杀了韦小宝，韦小宝宁愿一死也不愿意背叛陈近南，皇上不想背上忘恩负义的骂名，韦小宝就搬出之前皇上答应饶他一命的承诺，皇上已经打探到陈近南当初狠话，如果韦小宝投靠他，陈近南今天就把韦小宝杀掉，皇上劝韦小宝认清形势，他只不过是陈近南的一颗棋子，韦小宝苦笑不已，觉得皇上和陈近南是一种人，只希望他鞍前马后效劳，韦小宝心里只有“义”字，他从来没有做过对不起皇上和陈近南的事，韦小宝情愿一死了之。
皇上恼羞成怒，狠狠教训了韦小宝，还逼韦小宝还手，韦小宝只好照办，皇上狠狠打他几巴掌，把头都打出血，韦小宝伤心不已，对皇上拳打脚踢，他满心委屈，皇上不恨他加入天地会，只是恨韦小宝骗他，韦小宝只好承认陈近南曾经救过他们母子俩的命，发誓这辈子都不会背叛陈近南，皇上对陈近南很感兴趣，韦小宝要介绍皇上和陈近南认识一下，可已经来不及了。
皇上早就在沐王府和韦小宝家四周埋伏了大炮，要把天地会的人一网打尽，韦小宝顿时傻眼了，皇上派多隆时刻保护韦小宝，千万不许他出宫，临走，韦小宝质问皇上，如果他带着鬼使一家三口去慈宁宫，皇上会不会杀了他，皇上承认会杀了他，还让多空把韦小宝当成钦犯一样看管起来不许他给宫外传递任何消息。
建宁公主派人把胖头陀和毛东珠火葬，感谢他们舍命救自己，韦小宝想为毛东珠夫妇送行，多隆寸步不离守着他，并且讲明皇上就躲在附近，韦小宝不想节外生枝，只好悻悻离开。
第37集：韦小宝和建宁公主舍命出宫救人 韦小宝挟持阿济赤放走陈近南
建宁公主跪别胖头陀和毛东珠，伤心地离开了，皇上看到这一幕，心里很不是滋味。多隆带韦小宝去住处，还准备了酒菜，要和韦小宝痛饮一杯，韦小宝心生感激，两个人推杯换盏。
韦小宝一直心事重重，多隆苦苦追问其中原委，韦小宝担心反贼把家里的娇妻美妾糟蹋了，想回家看一眼，多隆劝他放宽心，皇上已经派先锋营的官兵把他的家围得水泄不通，韦小宝还是不放心，坚持要回去看一看，多隆坚决不同意。
韦小宝拉着多隆不停地喝酒，他却把酒偷偷泼在地上，多隆不胜酒力，很快就喝多了，韦小宝趁机想溜走，被多隆逮个正着，韦小宝谎称海大富留下开坛好酒，要拿给多隆喝，他想去拿蒙汗药，没想到多隆早就藏起来了，多隆拉着韦小宝继续喝酒，劝他不要再枉费心机，否则他就得死，多隆威胁要把韦小宝捆起来，明天一早交给皇上，韦小宝偷偷拿出匕首，口口声声称刚才是在试探他，多隆信以为真，对韦小宝放松了警惕，韦小宝狠狠刺向多隆，他当场气绝身亡，韦小宝迫不及待回去救人。
建宁公主突然来找韦小宝，韦小宝让她把太监们全部撵出去，谎称皇上知道他们俩的私情，就派多隆来杀他。，韦小宝不得已出手杀了多隆，建宁公主也是为这事而来，太后已经知道建宁公主怀了韦小宝的孩子，她来找韦小宝商量对策，，韦小宝没想到自己要当爹了，他又惊又喜。
陶红英翻墙进宫来见韦小宝，韦小宝想带着建宁公主一起逃出去，可是宫里守卫森严，韦小宝也不会翻墙，韦小宝想出一个好办法，建宁公主重金收买了宫女和太监，拜托他们隐瞒此事，陶红英把他们打晕。
韦小宝扮成太监，让陶红英假扮宫女，建宁公主带他们俩出宫，侍卫赵齐贤和张康年要去想多隆汇报，韦小宝只好亮出身份，谎称皇上派他出宫办一件机密大事，去刺杀埋伏在前锋营的阿济赤，他是吴三桂手下的奸细，赵齐贤信以为真，立刻打开宫门放他们出去。
韦小宝跟着建宁公主出宫来到韦小宝的府上，建宁公主向阿济赤问明大炮的位置，谎称皇上派她去韦小宝的爵爷府办一件事，让阿济赤陪她一起去，阿济赤不敢违抗命令，只好带阿济赤一起进门，趁其不备挟持了阿济赤。
韦小宝向陈近南报信，劝他们皇上侍卫的衣服赶快离开，陈近南怀疑他和皇上勾结，陶红英站出来为韦小宝辩护，陈近南只好答应带天地会的兄弟们离开。韦小宝来看老婆们，发现双儿不见踪影，才知道她跟着风际中去打探宫里的消息。
阿济赤出来缴了42个官兵进去，让陈近南等人换上他们的衣服，陈近南点了韦小宝的穴，担心节外生枝。皇上来到韦小宝的住处，看到多隆还一息尚存，宫女和太监吓得跪地求饶，皇上派人把多隆送太医院。
建宁公主劝韦小宝一起逃走，还求陈近南解了韦小宝的穴位。太后连夜来找皇上，逼他开炮炮轰韦小宝和天地会的人，皇上犹豫不决，他不想滥杀无辜，太后断定他放不下韦小宝，皇上念及韦小宝为他所做的一切，不忍心下手杀他，太后苦苦相逼，不许他重蹈先皇的覆辙。
阿济赤试图反抗，韦小宝假传圣旨，以阿济赤犯上作乱之名，命令赵齐贤和张康年把他打入死牢，韦小宝还提醒他们俩不能让皇上听到阿济赤的名字。韦小宝带假扮官兵的陈近南等人刚离开府，突然听到大炮齐鸣，建宁公主万万没想到皇上竟然对她也痛下杀手，韦小宝让陈近南帮忙把建宁公主和其他老婆一起带走，他要去找双儿，建宁公主坚决不干，坚持要跟着韦小宝，其他女人也紧随其后跟来，陈近南带天地会的兄弟们顺利脱身。
第38集：陆高轩揭穿洪教主制毒被杀 韦小宝带夫人们流落海岛
皇上派人去抓韦小宝和陈近南等人，并且讲明要抓活的。韦小宝带着建宁公主沐剑屏和曾柔逃命，行至半路他们从马车上下来，顺利躲过官兵的搜捕，一路逃到一间破房子里，赵良栋假装没有见到韦小宝他们，留下一大笔银子，还提醒韦小宝不要去北边。
韦小宝刚想带着建宁公主等人离开，不料被洪教主和苏荃逮个正着，苏荃对韦小宝恶语相向，建宁公主站胡来为韦小宝打抱不平。官兵突然浩浩荡荡来抓人，韦小宝谎称皇上要铲除神龙教，他为洪教主和苏荃求情，皇上下令砍掉他的脑袋。
官兵首领是张勇，他假装不认识韦小宝，转身就要走，韦小宝急忙喊住他，要跟他一起去抓逃犯，张勇对他视而不见，洪教主看出韦小宝想逃，就逼他还钱，张勇拿出身上所有的银票交给他们，洪教主还要马，张勇数了一下一共十三个人，答应给他们留下十三匹马，然后带着官兵离开了。
黑龙使赌气要杀了韦小宝，洪教主拼命阻拦，他留着韦小宝还有用，韦小宝拿出赵良栋留下的银子交给洪教主，洪教主把韦小宝关起来，韦小宝急得大呼小叫，方怡来给韦小宝送饭，韦小宝迫不及待想知道建宁公主她们三人的下落，得知她们是安全的，韦小宝担心自己这次性命不保，求方怡帮忙找到双儿，让双儿找一个好男人嫁了。
洪教主封陆高轩为白龙使，派他们五个人分赴各地召集旧部，重振神龙教，青龙使想要豹胎易筋丸的解药，洪教主当场发给每人两粒，他们感激涕零，洪教主发现陆高轩没有吃下去，而是偷偷把白色的那一颗藏在手里，洪教主说明那是强身健体的大补雪参丸，陆高轩借口最近身体不舒服，洪教主要亲手为他调理一下，陆高轩吓得跪地求饶，当众揭穿白色的这一颗是剧毒的百涎丸，众人惊得目瞪口呆。
陆高轩对洪教主忠心不二，没想到他竟然下毒，洪教主好奇他是怎么知道内情的，陆高轩无意中发现方怡在草丛里抓配置药丸的虫子，而且苏荃打开洪教主的药箱，苏荃因为紧张过度突然呕吐不止，洪教主对她嘘寒问暖，建宁公主看出苏荃已经怀有身孕，苏荃只好承认想找药打掉这个孩子，洪教主苦苦逼问孩子的父亲是谁，苏荃不敢说。
陆高轩承认对苏荃有爱慕之意，可绝对不会亵渎这份感情，洪教主当场把陆高轩杀死，还对其他人杀人灭口，他们只能出手反抗，韦小宝掩护方怡等人逃离，他刚想离开，苏荃拔剑挟持了韦小宝，胖头陀把洪教主制服，掩护苏荃和韦小宝撤出去。
洪教主侥幸脱身，苦苦恳求苏荃留下来，胖头陀等人向洪教主要解药，结果被当场杀死，要玩散落一地，洪教主追上苏荃，苏荃痛斥洪教主一意孤行，喜怒无常，从来就埋怨喜欢过他，韦小宝从身后偷袭洪教主，洪教主被打晕，韦小宝刚想带着苏荃和建宁公主等人离开，洪教主突然站起来，苦苦逼问苏荃肚子里孩子是谁，苏荃拒不回答，洪教主猜到是韦小宝，当场气绝身亡。
建宁公主气得大发雷霆，冲着韦小宝大呼小叫，苏荃狠狠打了韦小宝一耳光，建宁公主要找苏荃算账，韦小宝承认苏荃怀了他的孩子，苏荃要跟着韦小宝亡命天涯，方怡也愿意追随他们，韦小宝开心地合不拢嘴。
韦小宝带着五位老婆暂住在海岛上，突然看到两艘战舰在海上作战，韦小宝认出施琅和陈近南等人作战，陈近南的船被击沉，他们游到海岛上，双儿和阿珂也在这群人中，韦小宝激动万分，她对阿珂嘘寒问暖，郑克爽随后追来，不许韦小宝靠近阿珂。
双儿向韦小宝详细讲述了事情经过，他们本想来岛上投奔韦小宝，半路遇到被清兵追杀的郑克爽，郑克爽的船被击沉，他们就一起来到海岛。韦小宝想煮汤给双儿和阿珂御寒，建宁公主和沐剑屏很吃醋，阿珂突然呕吐，建宁公主认定她也怀了韦小宝的孩子，气得大呼小叫。就在这时，施琅带官兵来到海岛，陈近南等人严阵以待，做好随时作战的准备，施琅劝说冯锡范带着郑克爽归顺大清，冯锡范断然拒绝。
第39集：冯锡范和郑克爽残忍杀害陈近南 皇上派王进宝和赵良栋找韦小宝
施琅派人去请两个神弩将军，要将冯锡范和陈近南等人一网打尽，陈近南劝施琅一起回台湾共同恢复前朝，施琅坚决不干，并且讲明十五分钟以后就对他们大开杀戒，陈近南以迅雷不及掩耳之势制服施琅。
冯锡范赌气要杀了施琅，陈近南不想滥杀无辜，冯锡范恼羞成怒，他一声令下，手下的四个杀手一起冲上来，把陈近南团团围住，陈近南没出几招就把他们全部打晕，冯锡范和郑克爽前后夹击，刺中陈近南的胸膛。
韦小宝气得暴跳如雷，不顾一切冲上来要和冯锡范拼命，六个老婆一起去冲上来和冯锡范大打出手，他们根本不是冯锡范的对手，只能退进山洞，韦小宝也赶忙跟进去，郑克爽在洞口放火，想把韦小宝等人熏出来，韦小宝拎着双枪出来，冯锡范和郑克爽吓得跪地求饶。
韦小宝把双枪交给双儿，他立刻赶过去看陈近南，陈近南因为伤势过重，已经奄奄一息，他命令韦小宝送郑克爽和冯锡范回台湾，否则会死不瞑目，陈近南最后一句话没说出来就气绝身亡，韦小宝伤心地痛不欲生，赌气要杀了郑克爽，郑克爽吓得连连求饶，好提醒韦小宝不要违背师命，韦小宝逼他偿还一万两银子，郑克爽竟然要以阿珂相抵，阿珂赌气跳海自杀。
建宁公主催韦小宝去救阿珂，因为阿珂怀了孩子，韦小宝不顾一切冲上去，苦苦恳求阿珂留在他身边，承诺永远对他们母子俩好，阿珂只好承认孩子是韦小宝，韦小宝又惊又喜，好说歹说把阿珂劝回来。
韦小宝埋葬了陈近南，让冯锡范和郑克爽在坟前磕头谢罪，答应饶他们一死，郑克爽必须赔偿380万两银子，还逼他用手指血在陈近南的扇面上写下欠条，郑克爽只好照办，韦小宝让苏荃确认无误，就放他们离开。风际中拦住冯锡范和郑克爽，要杀了他们为陈近南报仇，可他不是冯锡范的对手，就把韦小宝叫到一边。
风际中劝韦小宝把郑克爽送去京城，皇上肯定会对他既往不咎，韦小宝万万没想到他竟然是皇上的卧底，就在他们俩商量对策的时候，风际中和郑克爽早已经驾着小船逃走了。风际中不甘心，就让韦小宝接任天地会总舵主，借给陈近南发丧的机会，把天地会的弟子一网打尽，然后回去向皇上交差，韦小宝不想做这么丧尽天良的事，借口三个老婆怀孕，不适合长途劳顿为由，答应从长计议。
风际中挟持了韦小宝，双儿等人闻讯赶来，拔枪对准风际中，风际中逼她把枪放下，否则就杀了韦小宝，双儿只好照办，风际中捡起手枪，逼眼前的六个人放下武器，风际中发现缺了一个人，苏荃在背后开枪把风际中击中，建宁公主拿起地上的手枪，才发现没有扣动扳机，他无意中扣下，击中了风际中的后背，他当场气绝身亡。
施琅回京向皇上复命，皇上得知陈近南已死，心里松了一口气，他想王进宝和赵良栋二人问责，他们俩吓得跪下认罪，承认放了韦小宝，皇上派他们俩带兵一个岛一个岛搜寻韦小宝的下落。王进宝很快发现韦小宝的下落，他惊喜万分，下令官兵把他团团围住，围着他转圈，韦小宝被转的头晕脑胀，建宁公主及时赶来，狠狠教训了王进宝，想带韦小宝回去。
第40集：韦小宝和皇上赌气继续留在孤岛 韦小宝跟施琅去台湾安葬陈近南
皇上对韦小宝既往不咎，让韦小宝回来参加他的大婚，皇上派韦小宝铲除天地会，再去打吴三桂，就答应把建宁公主许配给他，韦小宝陷入两难。
韦小宝勉强接过圣旨，可心里已经打定主意要抗旨，他把张康年打发走，韦小宝向王进宝说明心中的想法，他不能做不忠不义的人，拜托王进宝回去向皇上复命，否则他就以死谢罪，王进宝反而劝韦小宝，韦小宝兴之所至，请王进宝陪他赌掷骰子。建宁公主，阿珂和苏荃都即将临盆，她们疼得大呼小叫，韦小宝发誓做牛做马报答她们的大恩，双儿手忙脚乱帮她们三人接生，顺利生下三个小宝宝，韦小宝激动地说不出话来。、
不久之后，皇上派赵良栋来海岛见韦小宝，不但没有治他的罪，反而加官进爵，建宁公主迫不及待想回京城，赵良栋只是奉命带人来保护韦小宝，还送来粮食和物资。韦小宝早已经厌烦了岛上枯燥的生活，主动提出带兵攻打吴三桂，皇上早就猜到韦小宝的心思，让他先铲除天地会，再去攻打吴三桂，韦小宝只好继续留在岛上。
赵良栋回京向皇上复命，皇上赌气让韦小宝困在海岛一辈子。韦小宝终日无所事事，他百无聊赖，他仰望漫天星辰，不由地想起皇上，心里百感交集，此时，皇上也在宫殿外枯坐，思念着远在海岛的韦小宝，直到困得睁不开眼睛，才回去休息。
转眼三年时间过去了，皇上派兵攻打吴三桂，很快把他打败，之后又派施琅进攻台湾，郑克爽不战而退，皇上终于完成收复台湾的心愿，他召集文武百官商量如何处置台湾问题，康亲王建议将当地的军民迁入内地，舍弃台湾这座孤岛，索额图赞成康亲王的想法，图海不同意把银子浪费在这方面，明珠模棱两可，说不出切实可行的办法。皇上一时不知道该如何抉择，只好回来找太后商量，不知道派什么人处理台湾问题。
今天是九难的忌日，韦小宝来到坟前祭拜，向他哭诉在岛上无聊的生活，韦小宝每天吃鱼，他都快吐了。就在这时，施琅划着小船来给韦小宝传旨，皇上给韦小宝加官进爵，韦小宝得知皇上的心愿已了，他知道自己再也回不去了，只好来陈近南的坟前哭诉。
韦小宝得知施琅奉命要去台湾，就响彻你寄回把就能的遗体送回去，让他落叶归根，韦小宝热情地招呼施琅吃海鲜，建宁公主亲自给他上菜，施琅受宠若惊，韦小宝答应在皇上面前为他美言几句，他很快就会飞黄腾达，施琅感激不尽，当即决定向皇上请命，让韦小宝和他一起去台湾，建宁公主在一旁帮腔，口口声声称时间太久会引起别人对施琅的闲言碎语，施琅考虑再三，决定即刻带韦小宝去台湾。
韦小宝派人把陈近南的遗体抬到船上，他们一起踏上了去台湾的征途。韦小宝担心此次行程凶多吉少，就把建宁公主和孩子们安顿在直沽，苏荃和方怡愿意留下来保护建宁公主。施琅和韦小宝等人很快来到台湾的鹿耳门，官兵们夹道欢迎，还带来台湾的特色水果。
皇上得知施琅代合韦小宝去台湾了，他不由地心中暗喜。施琅接到京城来的密信，得知是皇上想吧台湾舍弃，担心外国人趁机进攻台湾，他连夜来找韦小宝求助，向韦小宝详细讲述了台湾的重要性，而且台湾几十万百姓也会不得安宁。
王进宝让张康年宣读皇上圣旨，韦小宝打开圣旨，看到皇上含泪做的画，他感动地热泪盈眶， 张康年拿出皇上给韦小宝的密旨。
